Conceput pentru a pune în valoare istoria deosebit de bogată a învăţământului universitar clujean de-a lungul secolelor, activitatea profesorilor şi studenţilor care au frecventat diferitele facultăţi, dar mai ales contribuţiile deosebite ale intelectualilor români din Transilvania la patrimoniul culturii şi ştiinţei mondiale, Muzeul Universităţii din Cluj a fost înfiinţat în aprilie 2001. Din ianuarie 2002, el a fost extins, funcţionând astăzi într-o formă mult îmbogăţită.
Colecţiile sale numără în prezent peste 750 de piese originale şi facsimile (carnete de student, anuare, manuale universitare, documente, diplome, cărţi poştale, fotografii, diferite aparate ştiinţifice, medalii etc.). Cu ajutorul acestora sunt reconstituite istoria şi activitatea tuturor colegiilor, facultăţilor şi universităţilor care au existat succesiv în Cluj-Napoca, cu începere din secolul al XVI-lea (când la 1581 s-a creat Colegiul Iezuit, condus de rectorul-călugăr Antonio Possevino) şi până astăzi.
Dintre exponate, se remarcă în mod special colecţia de fotografii de epocă – totalizând circa 500 de clişee – care prezintă, în imagini elocvente, momente marcante din viaţa universitară, în special din perioada interbelică.
Muzeul este structurat în două părţi principale: expoziţia permanentă si rezerva muzeului – accesibilă numai specialiştilor, pentru cercetare şi documentare.
O mini-bibliotecă de lucrări referitoare la istoria universităţilor româneşti este în curs de constituire.
În cadrul expoziţiei de bază, exponatele sunt grupate în mai multe secţiuni, respectând criteriile cronologic şi tematic.
Primele panouri din expoziţia muzeului universităţii prezintă date legate de elevii şi profesorii de la colegiile pe care diferitele ordine religioase catolice şi protestante le-au înfiinţat şi condus în Cluj între secolul al XVI-lea şi al XIX-lea. Sunt ilustrate apoi cele mai semnificative aspecte din activitatea universităţii maghiare Franz Iosif care a funcţionat în Cluj între 1872-1918, când Transilvania era parte integrantă a Imperiului austro-ungar.
Prezentarea evoluţiei universităţii româneşti "Regele Ferdinand" (1919 -1945) ocupă cea mai mare parte a expoziţiei permanente a muzeului. Secţiunea se remarcă prin obiectele şi fotografiile expuse. Acestea oferă vizitatorului informaţii nu doar despre viaţa ştiinţifică a universităţii, ci şi despre patrimoniul de clădiri şi dotări destinate deopotrivă profesorilor şi elevilor, care a fost mereu îmbogăţit printr-o bună administrare din partea rectorilor, o contribuţie deosebită având-o prof. Florian Ştefănescu Goangă. Menţionăm în acest sens vitrinele dedicate Colegiului academic (azi Casa Universitarilor) unde e reconstituită cu acurateţe înfăţişarea avută de clădire în anul inaugurării sale, 1937. Nu au fost uitate nici aspectele activităţii politice avute de profesorii universităţii din Cluj, dar nici acţiunile desfăşurate de societăţile studenţeşti pe facultăţi, precum şi de centrul studenţesc general "Petru Maior". O atenţie specială a fost acordată anilor celui de-al doilea război mondial, când universitatea românească din Cluj a fost nevoită să se refugieze la Sibiu şi Timişoara şi să-şi reorganizeze integral procesul instructiv educativ pentru a-l adapta noilor condiţii.
După instaurarea comunismului, în Cluj au existat între 1945-1959 două universităţi separate, anume cea românească, cu numele de "Victor Babeş", şi universitatea maghiară "Bolyai", a căror activitate este şi ea ilustrată în cadrul muzeului. A fost accentuată prin câteva mărturii documentare şi represiunea la care au fost supuşi mulţi dintre profesorii şi cercetătorii acestor instituţii de către regimul comunist.
Tot în cadrul expoziţiei permanente sunt prezentate date legate de crearea universităţii Babeş-Bolyai, prin unificarea celor două universităţi română şi maghiară în 1959, precum şi o istorie a evoluţie şi transformărilor acestei noi instituţii înainte şi după 1989, când "Babeş-Bolyai" a devenit o universitate multiculturală, de nivel european, cu specializări foarte numeroase şi variate oferite azi studenţilor, precum şi cu un înalt nivel de cercetare ştiinţifică.
O secţiune aparte este consacrată marilor personalităţi din universitatea clujeană care de-a lungul timpului au avut contribuţii deosebite atât la dezvoltarea acestei instituţii, cât şi la progresul ştiinţei şi culturii mondiale, aşa precum sunt Emil Racoviţă, Constantin Daicoviciu, Hermann Oberth, Lucian Blaga, Petre Sergescu, Eugen Speranţia şi alţii.
