Mănăstirea Nicula este un important centru de pelerinaj din Ardealul de Nord. Aici s-a aflat renumita icoană pictată în anul 1681 de meșterul Luca din Iclod. Conform unui proces-verbal întocmit de ofițeri austrieci, icoana ar fi lăcrimat între 15 februarie și 12 martie 1699. În anul 1713 guvernatorul Transilvaniei Sigismund Kornis a dus icoana în castelul său de la Benediugu Dejului, după care aceasta a ajuns la Cluj.
Papa Clement al XIII-lea a acordat în anul 1767 indulgență plenară pelerinilor care călătoresc la Mănăstirea Nicula în sărbătorile mariane 15 august și 8 septembrie.
Biserica din piatră a mănăstirii a fost edificată între anii 1875 și 1879 pe cheltuiala Episcopiei de Gherla. În anul 1928 papa Pius al XI-lea a acordat acestui lăcaș statutul de sanctuar marian.
În 1936 episcopul Iuliu Hossu al Episcopiei de Cluj-Gherla a încredințat icoana spre păstrare călugarilor bazilieni. Aceștia au încadrat-o în iconostasuldin lemn de tei al bisericii mănăstirii. Oficiosul Episcopiei Ortodoxe a Vadului, Feleacului și Clujului, săptămânalul Renașterea, nega în anul 1938 faptul că la Nicula, în mănăstirea "uniaților", s-ar afla icoana Maicii Domnului care a lăcrimat în 1699. Concluzia articolului intitulat "Baza pelerinajului de la Nicula" era aceea că "cercetările istorice dovedesc că la Nicula e numai o pseudo-icoană", iar originalul s-ar afla la Biserica Piariștilor din Cluj.
Fostul îngrijitor al mănăstirii a salvat icoana primită de la Iuliu Hossu, zidind-o într-unul din pereții casei sale. În 1964, în pragul morții, a mărturisit locul icoanei starețului ortodox al mănăstirii (numit de guvernarea comunistă). Icoana a fost adusă la mănăstire și la numai câteva zile a fost luată de comuniști. La rugămintea episcopului ortodox de atunci, Teofil Herineanu, icoana a fost pusă în capela Institutului Teologic Ortodox din Cluj-Napoca. În anul 1991 icoana a fost restaurată defectuos la Muzeul National de Istorie a Transilvaniei din Cluj, după care a revenit la mănăstirea Nicula.
În 1948 mănăstirea greco-catolică a fost închisă. Călugării bazilieni au fost arestați în octombrie 1948, odată cu scoaterea Bisericii Române Unite cu Roma în afara legii. Ieromonahul Leon Man, starețul mănăstirii, a fost întemnițat de comuniști și a murit în închisoare.
În 18 decembrie 1948 autoritățile comuniste au instalat la Nicula primul stareț ortodox, în persoana ieromonahuluiVarahiil Jitaru, născut în anul 1913 în localitatea Pângărați, județul Neamț.
Ca urmare a refuzului călugărilor ortodocși de a restitui mănăstirea, Episcopia de Cluj-Gherla a inițiat după 1989un proces pentru recuperarea lăcașului de cult. Pe motiv că instanțele din Transilvania ar putea ține partea greco-catolicilor, cauza a fost strămutată la Tribunalul Bacău, pe rolul căruia se află în prezent.